В ответ на озабоченность, выраженную ОБСЕ и другими международными организациями, 6 мая 1999 власти Казахстана приняли новый конституционный избирательный закон (Закон о выборах), который внес изменения в законодательную базу, но тем не менее не вполне соответствовал обязательствам страны-члена ОБСЕ. Это относится к президентским и парламентским выборам (в Мажилис и Сенат) и выборам в местные органы власти.

В Закон о выборах вошли некоторые пункты, которые отразили рекомендации БДИПЧ в отношении президентских выборов. Политические партии, которые рассматривались прежним законом как любые другие общественные ассоциации, получили специальный статус, соответствующий их уникальной роли в политической жизни страны.

Однако, Закон о выборах сохранил существенные недостатки, в том числе в отношении: (1) независимости избирательных администраций; (2) прозрачности избирательного процесса; (3) процесса подсчета голосов и составления итоговых таблиц; (4) предоставления кандидатам равного доступа к средствам массовой информации; (5) регистрации политических партий и кандидатов; и (6) злоупотребления "административными наказаниями" в целях дисквалификации кандидатов от оппозиции. Потом Центральной избирательной комиссией был выработан целый пакет инструкций, направленных на совершенствование законодательной базы выборов, которые, в случае их реализации, создадут действительные условия соответствия критериям ОБСЕ.

Конституция Республики Казахстана предусматривает наличие Парламента, состоящего из двух палат - Сената и Мажилиса. Казахстан поделен на четырнадцать областей, столицу Астана и Алматы.

Сенат состоит из 39 членов, выбираемых на 6-летний срок:

• 32 члена палаты выбираются на основе непрямого тайного голосования общим собранием депутатов маслихатов каждой области, Астаны и Алматы. От каждого округа в Сенат выбирается по два представителя.
• Семь членов палаты назначаются Президентом.

Вторая палата Парламента, Мажилис, состоит из 77 членов. Выборы представителей в Мажилис происходят прямым тайным голосованием всеми совершеннолетними гражданами Казахстана. Выборы проходят по смешанной системе, где 10 мест распределяются на основе пропорционального представительства, а на оставшиеся 67 мест делегаты избираются по одномандатным избирательным округам. Выборы, состоявшиеся 10 октября, стали первыми, проведенными по смешанной системе.

Введение системы партийных списков и пропорционального представительства стало положительным шагом в развитии политического плюрализма. В соответствии с новой системой, в Мажилисе 10 мест из 77 были избраны по партийным спискам, на основе пропорционального представительства. За каждого кандидата, внесенного в бюллетень для голосования по партийным спискам, Центральная избирательная комиссия должна была получить залог, равный 25 минимальным размерам оплаты труда. Согласно Закону о выборах, этот залог возмещается партии по преодолению ею 7 % порога поданных за нее голосов.

Небольшое количество предоставляемых мест и 7 % порог, являющийся довольно высоким по сравнению с порогами, применяемыми в странах более развитых демократий, ограничили количество партий, которые смогли воспользоваться этой возможностью. В качестве первого шага, эта система предоставила хорошую возможность для укрепления структур политических партий по сравнению со ставкой на отдельных представителей политических партий по избирательным округам. Однако введение пропорционального представительства на такое небольшое количество мест и применение высокого порога не представляло реальной опасности и не могло реально повлиять на расстановку сил в Парламенте.

Выборы по партийным спискам проходили по единому республиканскому избирательному округу и отражают ту поддержку, которой пользуются в народе политические партии, участвовавшие в выборах. Оппозиционные группы утверждали, что выборы стали наглядной иллюстрацией того, насколько широки противодействие или поддержка президентских программ в принципе.

Оставшиеся 67 мест в Мажилисе были выбраны по одномандатным избирательным округам. В первом раунде победивший кандидат должен был получить более 50 % голосов. В случае, если ни один из кандидатов не набирает требуемого количества голосов, два кандидата, за которых было подано наибольшее количество голосов, участвуют во втором круге голосования. Выбранным считается тот кандидат, за которого проголосовало наибольшее количество избирателей.

При смешанной системе каждый избиратель получает два избирательных бюллетеня для выборов в Мажилис: избирательный бюллетень для голосования по своему округу и избирательный бюллетень для голосования по партийным спискам. Избиратели могут выбрать только одного кандидата и только одну политическую партию, но за ними сохраняется право проголосовать против всех кандидатов или партий в избирательном бюллетене.

Кандидаты по партийным спискам могут быть выдвинуты только от партии, хотя они не обязательно должны являться членами этой партии. Кандидаты по выборам в одномандатных округах могут быть выдвинуты политическими партиями, любыми другими республиканскими или местными общественными ассоциациями, должным образом зарегистрированными Министерством юстиции, или могут быть выдвинуты самим кандидатом. Однако, согласно Закону о выборах, один и тот же кандидат не может быть выдвинут одновременно по партийным спискам и по одномандатным округам.

Выборы в маслихаты всех уровней прошли одновременно с выборами в Мажилис. Это означает, что избиратели получили избирательные бюллетени и для этих выборов. Общее количество избирательных бюллетеней, которые получил избиратель, зависело от места его/ее проживания, а также того, администрация какого уровня соответствует месту его/ее проживания.

Основное внимание членов МНВ было уделено выборам депутатов в Мажилис.

Выборы обслуживаются иерархией назначаемых избирательных комиссий, включая Центральную избирательную комиссию (ЦИК), территориальные избирательные комиссии, районные избирательные комиссии и участковые избирательные комиссии. Срок полномочий комиссий - 5 лет, хотя разным избирательным комиссиям разрешено вносить изменения в свой состав в течение всего срока полномочий.

Верхушка иерархии - это Центральная избирательная комиссия. Члены этой комиссии назначаются Президентом и утверждаются Мажилисом. ЦИК организует процесс выборов, осуществляет контроль за работой комиссий нижнего уровня, устанавливает стратегию и следит за всеобщим соблюдением закона о выборах. В пределах своей компетентности, ЦИК также уполномочена принимать решения, которые, в свою очередь, являются обязательными для исполнения на территории всей Республики. Кроме того, ЦИК формирует избирательные округа, устанавливает форму избирательных бюллетеней, бланков и протоколов, подводит итоги всех выборов, регистрирует избранных должностных лиц и назначает второй круг голосования и дополнительные выборы по мере необходимости. ЦИК имеет право отменить решение местных избирательных комиссий и располагает собственным штатом постоянных сотрудников.

Политические партии, кандидаты и международное сообщество в первую очередь были обеспокоены вопросом беспристрастности избирательных комиссий.

Несмотря на то, что законом во главе "единой системы избирательных комиссий" ставится Центральная избирательная комиссия, работа территориальных, районных и участковых избирательных комиссий находилась под влиянием местных органов власти. Формирование состава комиссий контролировалось акимами. Они, в основном, состояли из людей, благополучие которых зависело от благосклонного отношения районных или местных властей - врачей, учителей, работников бюджетных организаций.

По инициативе ЦИК был сделан положительный шаг вперед, и представителям политических партий было позволено претендовать на одно место в избиркомах нижнего уровня, распределяемых на основе розыгрыша при открытии вакансий или создании новых комиссий. Однако на практике это затронуло только около 25 % всех комиссий. В целом, такая система только служила цели скрыть принадлежность многих членов избирательной комиссии к партии ОТАН, отождествляемой с существующими органами власти. Подобная неустойчивость и связанная с этим предвзятость усилили недоверие среди тех, кто не имел права голоса в комиссиях. Широко распространенный цинизм и сомнение в беспристрастности тех, кому было поручено следить за ситуацией на игровом поле, отрицательно сказывались не только на избирательной кампании в целом, но и на доверии общества к результатам выборов.